Conocer la diversidad microbiana y su funcionamiento en el ambiente acuático resulta importante para entender el comportamiento y la presencia de contaminantes, aprovechando de paso el potencial de los microorganismos como bioindicadores, con el fin de implementar estrategias de biorremediación para estos ambientes. El objetivo de esta investigación fue reconocer microorganismos como algas, protozoos y metazoos en muestras ambientales, evaluando diferentes condiciones de cultivo y alimentación. Se presenta los resultados recopilados en los últimos años en el área de Biotecnología ambiental de la Institución Universitaria Colegio Mayor de Antioquia. Se tuvo en cuenta un proyecto de aula realizado durante el semestre 2022-2 con la creación de un atlas digital. Se recolectó muestras de lodos y biopelículas provenientes de plantas de tratamiento de aguas residuales, lixiviados, aguas de lagunas, represas, quebradas, musgos y líquenes, cultivadas por BG11 bajo diferentes condiciones, encontrando gran diversidad biológica entre protozoos ciliados, ameboides y flagelados, así como una gran variedad de metazoos como nematodos, rotíferos, tardígrados y copépodos.