Las poblaciones ovinas de la Región Caribe colombiana se caracterizan por tener una alta heterogeneidad fenotípica debido principalmente al uso de animales criollos en cruzamiento con razas exóticas. El presente estudio tuvo como objetivo estimar la diver-sidad genética y la estructura poblacional de ovinos de esta región. Se seleccionaron 459 animales ovinos de 26 granjas de 19 municipios. Las muestras de ADN fueron genotipadas con el chip ovino de baja densidad (15K). Se realizaron análisis de varianza molecular, diversidad genética y estructura poblacional. A nivel fenotípico, se asignó el 65.8% de los animales muestreados a la población Criollo mientras que 15.7% presentaron señales de introgresión con otras razas comerciales (mestizos). Las poblaciones presentaron un alto grado de diversidad genética dentro de los individuos (90.6%) y bajos niveles de variación genética entre poblaciones (FST = 0.075). Esta baja diferenciación, junto con los bajos niveles de variación genética entre poblaciones podría atribuirse a una falta de presión de selección y a la existencia de un flujo genético (mestizaje) entre las poblaciones.