Objetivo Determinar los costos de la incapacidad temporal por trastornos mentales y de comportamiento para el periodo 2016-2018 en Colombia. Métodos Estudio descriptivo-correlacional observacional de corte transversal, usando la totalidad de los registros de incapacidades de cotizantes al Sistema General de Seguridad Social en Salud colombiano entre 2016-2018, reportados según el CIE-10 como trastornos mentales y del comportamiento (F00-F99) y suministrados por el Ministerio de Salud y Protección Social. Resultados El mayor número de incapacidades corresponde a los trastornos de ansiedad y al episodio depresivo con una participación mayor del 20% cada uno. El promedio por incapacidad fue de 2,68 días, siendo la esquizofrenia (4,09), el trastorno afectivo bipolar (3,48) y el trastorno depresivo recurrente (3,23) los que generaron un mayor número de incapacidades. El costo diario promedio por cada incapacidad fue de $27.178; y para cada paciente, teniendo en cuenta el número promedio de días que estuvo incapacitado, el costo se eleva a $411.278 por persona. Conclusiones Las mujeres presentaron, con mayor frecuencia, algún tipo de enfermedad y el mayor número de registros ocurrieron en el área centro oriente y eje cafetero de Colombia; se estableció que los trastornos de ansiedad y depresivos son los de mayor ocurrencia y, finalmente, el análisis indicó que las personas con salarios menores a 2 SMLMV se incapacitaron más que aquellas con salarios mayores.