Objetivo. Evaluar la calidad higiénico-sanitaria de la leche bovina de Nariño mediante los recuentos de mesófilos aerobios y de células somáticas y determinar presencia de microorganismos ambientales importantes en salud pública como Salmonella spp., Escherichia coli O157, Listeria monocytogenes, Staphylococcus aureus y Yersinia enterocolítica y evaluar las variaciones de los parámetros de calidad en dos periodos lluviosos diferentes. Materiales y métodos. Se tomaron muestras de leche en 180 predios de cuatro subregiones naturales, en épocas de diferente precipitación. A cada muestra se le realizó recuento de aerobios mesófilos, y el recuento de células somáticas por citometría de flujo, y el de Coliformes totales mediante lectura en placa. La detección de Salmonella spp., Escherichia coli O157:H7 y Listeria monocytogenes por el sistema de detección molecular MDS 3M, Staphylococcus aureus y Yersinia enterocolitica por microbiología convencional. Resultados. Los recuentos de células somáticas fueron superiores en la época de altas precipitaciones. La mediana de los recuentos de mesófilos y coliformes totales fue de 20.085 UFC/ml, 265 UFC/ml respectivamente sin diferencias significativas en los dos periodos. No se detectó Salmonella spp. ni E. coli O157/H7. No se observaron diferencias significativas en la frecuencia de presentación de Listeria sp., L. monocytogenes, Y. enterocolítica, Staphylococcus aureus y Staphylococcus coagulasa negativa entre los dos periodos de lluvia evaluados”. Conclusiones. Se observó que el 80% de las muestras de leche analizadas en este estudio cumplen con los estándares de calidad higiénico-sanitaria y no se observó influencia de la época de muestreo sobre la calidad higiénica de la leche.