El cacao (Theobroma cacao) es una especie perenne de la familia Malvaceae originaria de la cuenca amazónica de América del Sur y es de gran importancia debido a su potencial en la industria de la confitería y los licores. Es una especie diploide con 20 cromosomas y cuenta con dos genomas secuenciados, el B97-61/B2 (Criollo-409 Mbp)3 y el Matina 1-6 (Amelonado-445 Mbp)4. Una de las técnicas más recientes para la identificación de SNPs se denomina genotipificación por secuenciación (GBS) que se basa en la secuenciación reducida del genoma mediante el uso de enzimas de restricción sensibles a la metilación. A la fecha no existen reportes de su uso en cacao, por ello el objetivo del presente trabajo fue implementar el protocolo de GBS utilizando doble digestión enzimática para la identificación de SNPs, los cuales fueron usados en el estudio de la diversidad y estructura genética de 205 genotipos del banco de germoplasma de AGROSAVIA previamente seleccionados por características fenotípicas y genéticas.