Los plaguicidas alteran la calidad del agua y afectan a los usuarios en la cuenca del Río Turbio, México. El objetivo principal de este estudio fue identificar las prácticas y percepciones locales en torno al manejo de los plaguicidas en los municipios de San Francisco y Purísima del Rincón y Manuel Doblado, Guanajuato. Se realizó un estudio transversal con 69 encuestas para muestras de agricultores, proveedores y representantes institucionales, durante septiembre a noviembre de 2021. Los resultados se analizaron de manera descriptiva para identificar las sustancias e impactos más reportados por los usuarios. Se añadió la cuantificación de impacto a la salud y medio ambiente para dichas sustancias. Los plaguicidas más utilizados fueron la cipermetrina, lamda-cialotrina, clorpirifos, fenvalerato y malatión, además de los herbicidas topramezone, 2,4-D, glifosato y paraquat, los cuales se valoraron de poco a moderadamente peligrosos para la salud y de alto a muy alto peligro al ambiente, según los resultados de la valoración de impacto. Las prácticas de uso indican que casi el 50% de agricultores dosifican en base a la etiqueta, el 98% refiere que se protege solo con elementos básicos, y el 48% reportan síntomas de toxicidad aguda (mareo, vómito e intoxicación), irritación ocular o cutánea y sensibilidad respiratoria. Futuras acciones como capacitaciones adecuadas, concientización en seguridad e higiene, disposición de envases y transferencia de conocimiento a tomadores de decisión local son necesarias para reducir los riesgos a la salud, al ambiente y a la producción agrícola.