Introducción: la población indígena ha sido reconocida como una población especial ya que se ha demostrado que es población vulnerable y que el estado de salud de las comunidades indígenas en Colombia debe fortalecerse mediante acciones integrales. Objetivo: estimar las causas prevalentes de muerte en la población indígena menor de cinco años en Colombia del 2016 al 2018 para contribuir al análisis y toma de decisiones en salud direccionadas a mejorar la situación en salud de esta población. Materiales y métodos: estudio descriptivo retrospectivo que analizó las causas de muerte de certificados de defunción de los años2016 a 2018. Se estimaron las tasas de mortalidad por edad y departamento de residencia y frecuencias de distribución según variables demográficas. Resultados: las defunciones en la población indígena menor de cinco años en Colombia en el periodo de estudio fueron 2 414 (0,4 % del total de muertes y 9,1 % dentro del grupo de menores de cinco años). La mayor mortalidad se presenta en el grupo de menores de un año (70 %). La primera causa de muerte en los menores de un año son los trastornos respiratorios específicos del periodo perinatal y en los menores de uno a cinco años las deficiencias y anemias nutricionales. Conclusión: la mortalidad en los indígenas menores de un año se debe especialmente a trastornos respiratorios específicos del periodo perinatal y a las deficiencias y anemias nutricionales. Los menores de uno a cuatro años tienen una mayor mortalidad debida a deficiencias y anemias nutricionales y a enfermedades infecciosas intestinales.