Los Andes tropicales son una zona de alta biodiversidad, que constantemente se enfrenta a la presión del desarrollo hidroeléctrico. Sin embargo, los efectos de los embalses en los ecosistemas fluviales de la regióninfluenciados por cambios fisicoquímicos en la calidad del agua son poco conocidos. Colombia es el único país en América del Sur que gestiona bases de datos ambientales públicos y centralizados, allí se incluyen conjuntos de datos sobre la calidad de aguas superficiales asociados a la vigilancia medioambiental de las represas. Para evaluar las relaciones entre las condiciones de los ríos en Colombia con relación a las centrales hidroeléctricas, analizamos los datos de monitoreo asociados con 15 represas, enfocándonos en la disponibilidad de oxígeno, el régimen térmico y la pérdida de sedimentos; ya que estas propiedades están influenciadas directamente por la construcción de represas en los ríos, e imponen restricciones fundamentales en la estructura de los ecosistemas acuáticos aguas abajo de la presa. Encontramos que en la mayoría de los embalses en Colombia (7 de 10) se reducen estacionalmente grandes porcentajes de las concentraciones de sólidos suspendidos totales (50-99%) debido a la captura de sedimentos. Adicionalmente, la mayoría de los embalses (8 de 15), a través de la descarga de aguas superficiales a mayor temperatura, aumentan estacionalmente las temperaturas del río (entre 2 y 4 °C) con respecto a las condiciones aguas arriba. Un subconjunto de cuatro represas genera hipoxia aguas abajo (<4 mg L-1), y aguas más frías que la de los flujos entrantes (entre 2 y 5 °C), ambos procesos impulsados por la turbinación y descarga de aguas hipolimnéticas frías y anóxicas durante los períodos de estratificación del embalse. Es probable que la dependencia de los datos de monitoreo nos lleve a subestimar los impactos, porque muchos de los ríos solo se monitorean una o dos veces al año y es posible detectar los cambios temporales entre las estaciones y los días (es decir, en respuesta al hydropeaking). A pesar de estos puntos ciegos, los datos de monitoreo representan algunas oportunidades para que los planificadores y las empresas hidroeléctricas mitiguen los impactos ecológicos río abajo. Estos hallazgos resaltan la importancia de implementar esquemas de seguimientos medioambientales asociados con la infraestructura hidrológica en los países en vía de desarrollo.