Conocer qué variables influencian el uso de refugios naturales por parte de los murciélagos permite analizar las exigencias fisiológicas que limitan su permanencia en un lugar determinado. En este estudio se evaluaron variables bióticas y abióticas con relación a la presencia de murciélagos en refugios naturales de un bosque húmedo tropical (Santander, Colombia) en enero de 2020. Se localizaron y describieron los refugios naturales (con presencia de murciélagos) y un grupo control (refugios sin presencia de murciélagos) tanto en zonas de bosque como en zonas de pastizal. Se registró la temperatura y humedad relativa y se compararon como medidas apareadas entre refugios activos y controles. Se calculó el índice de heterogeneidad (diferencia en la fisionomía dado la diversidad de plantas) y el índice de complejidad vegetal (grado de estratificación de la formación vegetal) mediante un análisis de componentes principales (PCA). Entre los refugios activos y los controles se encontraron diferencias significativas en la temperatura (t= 20,32, n= 287, g.l.= 286, p< 0,001 en pastizal; t= -7,44, n= 287, g.l.= 286, p< 0,001 en bosque) y la humedad relativa (t= 7,458, n= 287, g.l.= 286, p< 0,001 en pastizal; t= -15,63, n= 287, g.l.= 286, p< 0,001 en bosque). El índice de heterogeneidad de los refugios (3,028) fue mayor en comparación a los controles (2,737). La complejidad de los refugios usados (0,127) fue mayor en comparación a los controles (-0,54). La disimilitud en las variables entre los refugios y los controles demuestran un uso diferenciado de los sitios de descanso disponibles.