La calidad del aire en la región del Alto San Jorge está siendo afectada por la minería, cuyos impactos ambientales se asocian a afectaciones en la salud humana. El objetivo del estudio fue analizar la fragilidad ambiental de los ecosistemas para identificar y relacionar las afectaciones a la salud ambiental como consecuencia de la emisión de contaminantes atmosféricos. La metodología inició con la caracterización física y geoespacial del área y la atribución de pesos ponderados mediante el proceso analítico jerárquico. La suma ponderada de las capas de datos se realizó a través de Sistemas de Información Geográfica definiendo clases de fragilidad del ecosistema basados en Ross (1994). De esta manera, se determinó la amenaza y el riesgo por contaminación atmosférica para SO2, NO2, PM2,5 y PM10. Los resultados mostraron la existencia de riesgo de medio a alto y alto por SO2 en las zonas aledañas a los cascos urbanos. Para NO2, el riesgo fue homogéneo en un nivel intermedio para toda la zona. Para el material particulado (2,5 µm y 10 µm), de medio a alto y alto debido a la influencia de minería de ferroníquel y carbón. Este estudio denota la necesidad de aplicar oportunamente medidas de prevención, mitigación o control de este riesgo.