Introducción: la cuantificación de subconjuntos de linfocitos T se realiza de manera rutinaria en pacientes con síndrome de inmunodeficiencia adquirida (VIH) por citometría de flujo, con el fin de estadificar la infección y la respuesta a la terapia antirretroviral. Aunque algunas casas comerciales sugieren procesar las muestras en un período de 48 horas a 20-25 °C, no hay consenso acerca de las condiciones de tiempo y temperatura en las cuales no hay afectación de los linfocitos T. Materiales y métodos: se evaluaron 50 muestras de sangre total con anticoagulante EDTA, provenientes del área metropolitana de Medellín. Cada una fue expuesta bajo condiciones de temperatura y tiempo de conservación antes de su procesamiento. Los puntos de tiempo incluyeron < 12 horas (muestra inicial), 24, 48, 72, 96 y 120 horas. Y a temperatura ambiente (20-25 °C) y refrigeración (4-8°). Resultados: variables como la temperatura y el tiempo influyen en los recuentos de las diferentes subpoblaciones linfocitarias; son más críticos los efectos de la temperatura ambiente sobre el recuento y demás variables, que el paso del tiempo. La expresión CD4 fue el marcador más estable; por cada día que se evalúo se redujo 0.08 cél/μl y no fue estadísticamente significativo (IC 95%: 0.10-0.01; p = 0.104). El marcador CD45, presentó mayor reducción en el recuento absoluto. Con el paso de los días, en promedio, disminuyeron 0.53 cél/μl, dato que fue estadísticamente significativo (IC 95%: -0.97-0.09; p = 0.016). Respecto a la viabilidad evaluada en los linfocitos totales, ésta permaneció alta a temperatura de 4-8 °C durante 96 horas, con una mediana de 72.7%.