La presente investigación muestra la distribución y ocurrencia de 31 especies de peces en el río San Miguel y el zanjón Bagazal en la cuenca del Alto río Cauca. Los peces fueron recolectados entre octubre de 1997 y junio de 1998. Las muestras se tomaron en las partes superior, media y baja de la cuenca. Las especies Characidium fasciatum (29.3%) y Astyanax microlepis (14.15) fueron las más abundantes en el zanjón, y Bryconamericus caucanus (15%) y Aequidens latifrons (13.6%) fueron las más abundantes en el río. B. caucanus, Gephyrocharax caucanus, Ch. Fasciatum y Oreochromis niloticus fueron las especies de más amplia distribución en el río, mientras que Ch. Fasciatum y Poecilia caucana lo fueron en el zanjón. El índice de similitud entre el río y el zanjón fue de 0.78 con variaciones a lo largo del año. Ocho y doce especies se consideraron como constantes, diecisiete y quince como accesorias, y siete y cinco como accidentales, respectivamente para el río San Miguel y el zanjón Bagazal.