El gusano de seda Bombyx mori se caracteriza por presentar una amplia variabilidad en los caracteres de productividad y desarrollo los cuales presentan herencia poligénica. Muchos caracteres morfo-bioquímicos de gusano del seda se han asociado con marcadores moleculares como los RFLPs y los RAPDs mapeándose en diferentes grupos de ligamiento. Sin embargo, se ha prestado poca atención a la definición de su verdadera función dentro del organismo completo. Para llevar a cabo una aproximación preliminar a este problema, se evaluaron cinco combinaciones de iniciadores AFLPs con un total de 302 bandas sobre el ADN genómico de 16 líneas de gusano de seda de origen japonés y chino. Dichas líneas presentaban diferentes características de productividad como peso de capullo y de corteza lo que permitió su discriminación en grupos definidos de alta y baja productividad. Los datos de productividad y la información de los marcadores moleculares para cada una de las líneas fueron correlacionados mediante análisis de varianza múltiple. Estos análisis se realizaron con los marcadores agrupados de acuerdo con las combinaciones de iniciadores utilizados. La significancia se fijó en el 95%. Se eliminaron los marcadores que tenian una presencia o ausencia menor al 5%. Para los restantes se asignó una cota de la varianza en base a la cual se determinó la significancia del marcador. Se identificaron marcadores asociados estadísticamente con peso de capullo y de corteza separadamente, al igual que algunos marcadores asociados con ambos caracteres de productividad.