Introducción: Describir los factores asociados a la discriminación de los hombres que tienen relaciones sexuales con otros hombres en las ciudades de Bogotá, Medellín y Cali, Colombia 2019. Materiales y Métodos: Estudio transversal, utilizando el muestreo dirigido por encues¬tados, donde participaron 1301 hombres que tienen relaciones sexuales con otros hombres. Los datos agregados se ponderaron y se calcularan las razones de prevalencia ajustada para medir la asociación entre los factores seleccionados y la discriminación. Resultados: La prevalencia de discriminación fue del 18,6% (IC95%:16,5- 20,7). Se asoció de forma independiente con tener más de 30 años, orientación sexual homosexual, desconocimiento por parte de la familia de sus prácticas sexuales, no tener pareja estable y consumir marihuana. Discusión: Las familias y la propia pareja son los principales generadores de discri¬minación. Se recomiendan espacios de educación y sensibilización sobre el tema de la orientación sexual e identidad de género en el marco del enfoque diferencial para las familias, profesionales de la salud, entre otros.