La disminución del salmón en el océano Atlántico ha enfatizado la necesidad de conocer la variación genética intra e interpoblacional de la especie para racionalizar su manejo en la explotación comercial y su conservación en el medio natrula. Sin embargo, los estudios previos realizados con loci codificantes de proteínas han revelado una variación genética poco informativa. Los loci microsatélites se encuentran entre las últimas herramientas genéticas diseñadas para el estudio de variabilidad y han demostrado ser altamente variables en la mayoría de las especies animales y vegetales en que se han utilizado. En este trabajo se analizaron cinco loci microsatélites (µ-SsaF-43*, µ-StrP-15*, µ-SsaD-30*, µ-Ssa20.19* y µ-Ssa13.37*) en tres muestras de dos poblaciones naturales situadas en el norte de España (ríos Sella y Bidasoa). Los resultados obtenidos revelaron un elevado grado de polimorfismo en los loci analizados. Al comparar las frecuencias génicas entre las poblaciones se observaron diferencias estadísticamente significativas, encontrándose algunos alelos en baja frecuencia que pueden ser específicos de una población. Por otra parte, también se detectaron alelos específicos en las clases analizadas pero todos en tan baja frecuencia que no definen categóricamente a cada clase en particular.