La Leishmaniosis y la enfermedad de Chagas son causas importantes de morbilidad y mortalidad en Colombia y en países tropicales. Los tratamientos existentes son insatisfactorios mientras que la enorme biodiversidad en nuestro medio aparece como una fuente abundante de productos potencialmente antiparasitarios. En este trabajo evaluamos dos fracciones extraídas de una planta del género Sapindus, con actividad anti-Leishmania y anti-Trypanosoma para determinar su eventual efecto mutagénico o genotóxico, mediante el Test de Ames y el Ensayo Cometa. Se estudiaron dos fracciones con actividad antiparasitaria promisoria, 3S-E y 3S-F, a tres concentraciones diferentes: 0,3, 3 y 30 μg/ml. Los resultados obtenidos indican que ninguna de las fracciones es mutagénica en las cepas de Salmonella typhimurium evaluadas, TA-100 y TA-98. En el ensayo de genotoxicidad (Cometa), la fracción 3S-E mostró diferencias estadísticamente significativas entre las dosis 3 y 30 μg/ml y el control negativo (DMSO 1,5%), lo cual indica la capacidad de esta fracción de afectar el material genético. Por lo tanto, se requieren estudios adicionales que permitan determinar la capacidad genotóxica de la fracción 3S-E en células humanas, dentro del rango de dosis efectivo como antiparasitarias. De manera interesante, la fracción 3S-F mostró no ser genotóxica en linfocitos humanos de sangre periférica, lo cual permite postular esta fracción como candidato para continuar su desarrollo como posible tratamiento contra la Leishmaniosis y la enfermedad de Chagas.