Las infecciones de transmisión sexual (ITS) constituyen un problema de salud a nivel global. El Comité de ITS de la Asociación Colombiana de Infectología (ACIN) desarrolló el presente documento dirigido principalmente al personal médico de diferentes niveles de atención en Colombia, con el objetivo de proveer recomendaciones claras y concretas para un diagnóstico y tratamiento oportunos de los pacientes con ITS y sus contactos. Se diseñaron protocolos básicos de diagnóstico y tratamiento con base en la evidencia científica disponible y guías existentes elaboradas por sociedades científicas nacionales e internacionales y grupos gubernamentales. Se agruparon las ITS más comunes en las siguientes secciones: uretritis, úlcera genital, flujo vaginal de etiología infecciosa, proctitis, cervicitis, hepatitis B, y virus de papiloma humano de alto riesgo. Para cada protocolo se presenta la definición, la etiología, las condiciones para la toma de la muestra, los exámenes de diagnóstico por agente etiológico y nivel de atención, y el tratamiento por agente etiológico.