El Bosque seco Tropical (BsT) es uno de los ecosistemas más amenazados del planeta dada la pérdida de cobertura vegetal causada por actividades antropogénicas. Entender cómo se dan las interacciones planta-animal en este tipo de ecosistemas es particularmente importante porque promueven su mantenimiento y funcionamiento. Nuestro objetivo fue identificar las interacciones entre murciélagos frugívoros y plantas a través de redes de interacción mutualistas en diez remanentes de BsT del Valle del Cauca. Para esto se caracterizó el ensamblaje de murciélagos y las semillas encontradas en sus heces y se evaluaron las propiedades estructurales de redes (anidamiento, modularidad y robustez). Se encontraron 36 especies de murciélagos y 1142 individuos; adicionalmente, se identificaron 19 669 semillas y 85 interacciones entre 18 especies de murciélagos y 19 especies de plantas. La red de interacción resultante presentó una estructura anidada, modular y robusta a la pérdida de especies especialistas pero susceptible a la pérdida de especies generalistas. Estos resultados dejan en evidencia la importancia de los murciélagos para el análisis de las interacciones planta-animal y a su vez los propone como un grupo clave para ser incluidos en planes de conservación y restauración de ecosistemas altamente perturbados como el BsT del Valle del Cauca.