A formação de professores de Ciências leva em consideração uma série de fatores que vãodesde aspectos pessoais e culturais até aspectos sociais e econômicos. Além disso, quando se pensa numa formação interdisciplinar, o processo torna-se ainda mais complexo, tendo em vista que existem poucas investigações sobre essa temática. No entanto, estudos mostram que trabalhar a pesquisa no ensino, com o uso de Sequências Didáticas Interdisciplinares (SDI), pode contribuir para a formação docente voltada para a interdisciplinaridade. Com base nessa perspectiva, objetivou-se investigar, segundo as percepções de residentes pedagógicos em Ciências da Natureza, as contribuições de uma experiência formativa envolvendo pesquisa no ensino e práticas interdisciplinares para a formação interdisciplinar. Neste trabalho qualitativo foi utilizado o paradigma da fenomenologia para investigar as percepções e as experiências dos participantes, obtidas por meio de questionários e de relatos de experiências e depois analisadas por meio da análise de conteúdos de Bardin. Os resultados mostraram que os residentes compreendem a interdisciplinaridade, conforme autores como Fazenda (2011), Melo (2015), Shaw (2019), dentre outros que fundamentam este estudo, bem como a relacionam com a pesquisa no ensino e com a utilização de SDI. Ainda, todos concordam que tais ferramentas contribuem para a reflexão e para a melhoria de sua própria prática pedagógica.