Objetivos: Cimentos de ionômero de vidro (CIV) são amplamente utilizados em ortodontia, mas apresentam baixo efeito antimicrobiano. O objetivo deste estudo foi avaliar as propriedades microbiológicas e mecânicas do CIV modificado por clorexidina (CLX), para cimentação de bandas em pacientes ortodônticos. Material e Métodos: Dez pacientes, com idades entre 19-33 anos em fase inicial de tratamento ortodôntico foram aleatoriamente designados a dois grupos pelo desenho de boca dividida (n=10), um grupo (CIVEX) com bandas cimentadas com CIV modificado com CLX e um grupo controle (CIV), avaliadas antes (T0), 3 meses (T3) e 6 meses (T6) após cimentação. Foram realizadas a contagem microbiológica total, avaliados a estabilidade de cor do esmalte, pH salivar e o índice de remanescente adesivo (IRA). Os testes de Friedman e Pós-Hoc de Dunn’s, Mann-Whitney, ANOVA one-way e Pós-Hoc de Tukey, e teste T pareado e não-pareado (P<0,05) foram utilizados. Resultados: Em T3, foi evidenciado uma diminuição significativa na quantidade de UFC no grupo CIVEX em relação ao controle (P=0,041). Em T6, a quantidade de UFC foi semelhante ao T3 (P=0,137), o grupo Controle demonstrou uma quantidade semelhante de UFC entre os períodos experimentais sem diferença significativa (P=0,114). O pH salivar demonstrou diferença significante apenas entre os períodos T0 e T6 (P=0,022). A cor do esmalte dentário (P=0,366) e o IRA (P=0,343) não demonstraram alterações significativas. Conclusão: A incorporação da CLX no CIV demonstrou eficaz ação antibacteriana, permitiu boa adesão do cimento ao esmalte pelo ARI e alta taxa de sobrevivência das bandas, não alterou a cor do esmalte dentário,e manteve o pH salivar em níveis fisiológicos.