El acceso abierto es un pilar fundamental para entender la comunicación científica de las últimas tres décadas, tanto a nivel mundial, pero especialmente desde América Latina. Su crecimiento, fundamentalmente a partir de la ruta dorada, ha generado cambios importantes en los modelos de negocio de la industria editorial científica. Uno de ellos ha venido con la aparición de los cobros por publicación (APC), lo cual se ha ido posicionando por el auge del acceso abierto y las políticas universitarias y gubernamentales para la evaluación de la investigación y los sistemas de recompensas. En este sentido, se ha hecho necesario reconocer las dinámicas asociadas a este fenómeno y atacar la falta de datos y la transparencia de los costos que implica el APC. Por ello, este artículo propone una metodología de seis pasos para analizar estos cobros en cualquier universidad, y presenta el panorama para el caso de las instituciones de educación superior colombianas. Se puede evidenciar el aumento de la producción científica en abierto a partir de la ruta dorada pero también el aumento de los gastos de las instituciones en los últimos años.