El presente trabajo evaluó los aedeagos de los machos de las especies Drosophila martensis, D. starmeri, D. uniseta y D. aldrichi recolectadas en las poblaciones colombianas de Camarones cerca de Riohacha, Santa Marta (Costa Norte) y Rosalía en el Desierto de la Tatacoa (Huila). Este carácter es uno de los que ha presentado más rápida evolución, favorecida por selección natural en los procesos de formación de nuevas especies, especialmente en insectos, por lo tanto es considerado un adecuado indicador para la determinación del avance de los mencionados procesos. El análisis morfométrico con descriptores de Fourier elípticos y el MANOVA-CVA realizado mostró que entre las poblaciones de D. martensis (P wilk = 0,1816) al igual que en D. uniseta (P wilk = 0,0507) no existieron diferencias estadísticas en la forma del aedeago, contrario a lo obtenido para D. starmeri (P wilk = 0,0004). Esta misma prueba determinó que en las tres especies del conglomerado martensis la genitalia de los machos mostró diferencias significativas (P wilk = 4,23E-163). Se evidencia que las tres especies del conglomerado martensis mantienen su identidad taxonómica en el análisis. Así mismo, al comparar cada una de las especies del conglomerado con D. aldrichi, otra especie del grupo repleta recolectada en Tatacoa y perteneciente al complejo mulleri, se encuentra que los datos de D. martensis aparecieron sobrepuestos con los de D. aldrichi, lo cual estaría mostrando que existe una relación filogenética más cercana entre estas dos especies que entre D. martensis y las otras de su mismo conglomerado.