Se establece la ruta filogenética del cromosoma 2 de Drosophila starmeri (Wasserman, Koepfer & Ward) de dos poblaciones de la costa norte colombiana (Camarones y Santa Marta) y de una tercera ubicada en el Desierto de la Tatacoa (Rosalía), separada de las dos primeras por más de 1.200 kilómetros. La filogenia se resume en el mapa elaborado, siguiendo el método de las inversiones traslapadas y las técnicas de microfotografía cromosómica y digitalización en escáner. De acuerdo con los resultados obtenidos, el arreglo estándar del cromosoma 2 de Drosophila starmeri se deriva del estándar de Drosophila martensis por cuatro inversiones traslapadas. El cromosoma presenta polimorfismo para tres arreglos diferentes. En este trabajo se propone una ruta filogenética nueva para el cromosoma 2. Los resultados podrían ser interpretados como un reflejo de la divergencia genética entre las poblaciones de la costa norte y de la Tatacoa, con una presunta interrupción del flujo genético, que empieza a vislumbrarse a través de los estudios morfológicos y de aislamiento reproductivo realizados, en las mismas poblaciones, por el grupo de investigación de citogenética, filogenia y evolución de poblaciones, de las Universidades del Tolima y Andes.