Lucilia eximia (Diptera: Calliphoridae) es una especie de importancia forense debido a su asociación con cuerpos en descomposición en Antioquia y otras regiones de Colombia. La implementación de metodologías que permitan la identificación rápida y acertada de esta especie es de gran importancia en entomología forense. En la actualidad las secuencias de ADN mitocondrial son consideradas una herramienta complementaria a la taxonomía clásica y son utilizadas en la tipificación de especies morfológicamente similares o indistinguibles como en el caso de las moscas de importancia forense. En el presente trabajo se estudio la variabilidad de la región mitocondrial (Cyt b-RNAt-Ser-ND1) en un fragmento de 480 pb amplificada por PCR y cuyo ADN fue obtenido de larvas de tercer estadio de L. eximia provenientes de Medellín y dos zonas aledañas. Las diferencias en las secuencias en términos de nucleótidos y distancias genéticas permitieron separar los individuos de la especie de interés de otras especies cercanas. Así mismo, al realizar un análisis de NJ (K2P), se observó una agrupación de los haplotipos relacionada con la procedencia geográfica de los individuos.