El objetivo de esta investigación fue realizar la caracterización morfoagronómica de 120 accesiones de chirimoya del germoplasma de la Universidad de Cuenca (Granja El Romeral) y del INIAP (Granja Experimental del Austro). Se evaluaron 66 descriptores, 33 cualitativos y 33 cuantitativos, de acuerdo a los descriptores de Bioversity International. Se realizó un análisis de componentes principales (CP) y de clasificación jerárquica. El análisis de CP indicó que las cuatro primeras componentes explicaron el 69,45% de la variabilidad total y la clasificación jerárquica identificó cuatro grupos, que junto con las CP revelaron una alta contribución de los caracteres a la variación existente. Las características cuantitativas que contribuyeron a la conformación de las componentes fueron peso de fruto, diámetro longitudinal y ecuatorial del fruto, longitud de la semilla, grosor del exocarpo, diámetro y longitud del pedúnculo, firmeza, pH, número de semillas, peso de semilla y contenido de sólidos solubles totales. Las variables cualitativas que contribuyeron en la conformación de las componentes fueron sabor de la pulpa, tipo de exocarpo, resistencia a la abrasión, desprendimiento de la semilla y contenido de fibra de la pulpa. Los caracteres cualitativos y cuantitativos evaluados presentaron una variabilidad fenotípica intermedia, puesto que de 20 variables cuantitativas que representan el 60%, 12 de estas variables, tienen un coeficiente de variación sobre el 20%.