La resiliencia ecosistémica es una propiedad de las áreas naturales protegidas (ANP) que causa gran interés causa en la actualidad, dada sus relaciones con los regímenes de perturbación y el contexto del cambio climático. Sin embargo, no se cuenta con lineamientos contextualizados que permitan estimar y gestionar integralmente sus atributos dentro del ámbito rural. Por tanto, el objetivo de este estudio fue proponer una metodología para la gestión de la resiliencia ecosistémica de las ANP de Colombia a fin de hacer frente al cambio climático. Esta investigación teórica y exploratoria se fundamenta en una revisión sistemática de información bibliográfica y la experiencia de los autores en procesos de gestión territorial. Los resultados muestran una base conceptual de la temática con antecedentes clave y la propuesta metodológica integrada por cinco fases y 18 pasos consecutivos. La cual contempla cinco grandes ejes transversales: fundamentos legales, visión sistémica, enfoque participativo e inclusivo, así como sinergias institucionales, sectoriales y comunitarias. Con esta aproximación metodológica se espera aportar un marco de referencia que oriente la sostenibilidad de los sistemas naturales y el bienestar de las comunidades rurales asociadas.