Este artículo está dedicado a analizar las disputas comerciales relacionadas con la protección ambiental sometidas al sistema de solución de controversias del MERCOSUR y aquello de la Organización Mundial del Comercio. La investigación trae un panorama sobre las posibles dificultades para la promoción efectiva de la protección del medio ambiente en sistemas diseñados para la solución de disputas comerciales. A través del análisis de decisiones sobre casos confrontados con esos estándares, las conclusiones confirman la hipótesis de que los intereses comerciales tienden a prevalecer imponiendo un rol secundario a la protección del medio ambiente.