En este artículo se mostró la importancia de la toma de decisiones enmarcadas en el desarrollo de los sistemas de gestión en las pequeñas y medianas empresas (PYMES), debido a que la adopción de los sistemas de gestión ha crecido en importancia estratégica dentro de las organizaciones; para algunas dieron respuesta al cumplimiento de las reglamentaciones ynormatividad de algún ente de control, para otras, un efecto de diferentes aspectos que afectaron el entorno competitivo.Se observó un incremento en la importancia en las PYMES cuyas actividades productivas y de servicios aportaron un porcentaje importante del empleo y una participación poco despreciable del mercado; Por medio de las metodologías de análisis basado en metas y el análisis de decisiones multicriterio, se desarrollaron algunos aportes para dar una visión de las necesidadesorganizacionales en el desarrollo de sus procesos.El propósito de este trabajo fue determinar los elementos más importantes que ayudan a mejorar el proceso de toma de decisiones en las pequeñas y medianas empresas para alinear sus procesos hacia los sistemas integrados de gestión, determinando las oportunidades de mejora en estas organizaciones. Como resultado se observó la necesidad de interiorizar en la gestión estratégica de las organizaciones, el sistema de gestión, las oportunidades de mejora que puede tener con su implementación y las herramientas para la toma de decisiones que estos sistemas pueden entregar a la Alta Dirección para mejorar la productividad.