En esta tesis de maestría de profundización, se desarrolla un controlador MPC en línea, para la regulación de metanol y oxígeno disuelto en el proceso de producción de proteína de Pichia Pastoris en el biorreactor del Instituto de Errores Innatos del Metabolismo (IEIM) de la Pontificia Universidad Javeriana, para ello es necesario la definición del modelo matemático de la planta, para posteriormente definir el controlador MPC con sus parámetros correspondientes, como horizonte de control, predicción, función de costo y restricciones. El controlador es implementado en MATLAB con ayuda de la herramienta ACADO, también fue necesario la inclusión de un estimador de biomasa (filtro de Kalman). Finalmente se realiza la implementación en LabVIEW y se realiza una prueba de validación.