La Operación Fénix marcó un hito importante en las relaciones entre Ecuador y Colombia, debido a las condiciones en las que se llevó a cabo, tanto por las problemáticas que se desarrollaban en la frontera por el conflicto que vive el país como por las diferencias ideológicas que se presentaban entre los dos gobiernos. A partir de su ejecución, fue necesario replantear los acuerdos en seguridad que tenían los dos países y con ellos, las relaciones y cooperación que tenían los dos países en el control de la delincuencia trasnacional y los problemas derivados del narcotráfico y la actuación subversiva.