En este estudio se determinó la composición de las comunidades bacterianas de dos manantiales salinos ubicados en el departamento de Risaralda, el Salado de Consotá y La Cristalina y uno ubicado en el departamento de Boyacá, denominado Salpa. Los tres manantiales, importantes desde una perspectiva histórica y económica, fluyen a partir de aguas subterráneas con más de 50 años antigüedad y pueden diferenciarse a partir de sus características fisicoquímicas. Aunque no se detectó diferencias significativas en la abundancia y composición de organismos del dominio Bacteria entre los tres manantiales a lo largo del tiempo, la composición de la comunidad bacteriana sí presentó variaciones espaciales, indicando que cada manantial alberga una comunidad bacteriana diferente, esta variación fue explicada en parte por los parámetros fisicoquímicos estudiados y principalmente por la concentración del ion calcio y de la temperatura. A pesar de las diferencias al interior de la comunidad bacteriana de cada manantial, se observó predominio de OTUs relacionadas con organismos de las clases y ?-Proteobacteria, ampliamente reportadas en hábitats salinos incluyendo ambientes marinos, aunque en el manantial Salpa también se detectó predominio de OTUs relacionadas con organismos de la clase ?-Proteobacteria. Además, se observó que estos manantiales son hábitats de nueva diversidad taxonómica como se deduce del alto número de secuencias del 16S ARNr con menos del 97% de similitud con secuencias de organismos cultivados y por las nuevas especies aisladas e identificadas en el curso de este estudio, las cuales además presentaron capacidades hidrolíticas que pueden ser exploradas más adelante.