El género Fusarium es conocido por su capacidad fitopatógena, la cual afecta cultivos de distribución mundial. Adicionalmente, es considerado un patógeno te capaz de generar enfermedades en humanos y animales. En el trabajo se caracterizaron aislamientos de Fusarium spp. de plantas, y animales, teniendo en cuenta perfiles moleculares, factores de patogenicidad y procesos de infectividad en plantas. La caracterización molecular de 41 aislamientos por AFLP se realizó empleando enzimas de restricción EcoRI y Msel, dos pre-amplificaciones y cuatro amplificaciones. Los resultados permitieron evidenciar similitudes a nivel de especie independientemente del origen de aislamiento, así como la alta variabilidad genética del género. Este análisis permitió la selección de los 12 aislamientos objetivos a evaluar en los objetivos siguientes.