Este estudio se enfocó en analizar los efectos emocionales y las estrategias de afrontamiento de estudiantes universitarios mexicanos durante el confinamiento por covid-19. Participaron 1.290 estudiantes de diferentes instituciones de educación superior, quienes respondieron un cuestionario de autoinforme en línea. Se realizaron análisis descriptivos, comparativos por género y de regresión. Los resultados indicaron gratitud, alegría y esperanza como principales emociones experimentadas por los universitarios. Sin embargo, las mujeres evidenciaron en mayor medida emociones asociadas a la incertidumbre, incluyendo la ansiedad. Las estrategias de afrontamiento más frecuentes fueron aquellas que contribuyen a la reinterpretación de la situación. Factores como vivir con la familia, caminar/correr, tener un espacio personal para estudiar y recursos tecnológicos favorecieron emociones positivas. Por el contrario, salir a consulta médica fue el principal factor de vulnerabilidad, asociándose al miedo, así como a la tristeza, ansiedad y confusión. A partir de estos hallazgos, es necesario plantear acciones educativas y sociales para apoyar a los jóvenes al mejor afrontamiento de esta compleja realidad. Ello implica ajustes en la experiencia educativa y en la vida relacional en general, considerando que las situaciones adversas también pueden llevar a los estudiantes a experimentar vivencias positivas para la continuidad de sus estudios en línea.