En la actualidad, la concepción de la ciencia ha sido reconocida como un campo de interés para representantes de la comunidad científica. El presente estudio analizó las concepciones de ciencia que tienen los estudiantes de tres instituciones educativas, pertenecientes al programa Ondas en la ciudad de Ibagué (Colombia). Se coordinaron, articularon y sistematizaron experiencias registradas en el campo de la ciencia, mediante una investigación descriptiva; se aplicaron una encuesta sobre concepciones de ciencia, un test de pensamiento científico-crítico y una entrevista a 24 estudiantes de edades entre los 11 a los 17 años. Fueron evaluadas las categorías de: concepciones de ciencia, cómo se hace la ciencia, y la relación ciencia, tecnología y sociedad. Los resultados obtenidos indican que los estudiantes se caracterizan por una concepción empiro-inductista, partiendo de la observación y la experimentación para establecer hipótesis. además, el nivel de pensamiento crítico que presentan los jóvenes evidencia una expresión de pensamiento libre y objetiva. En conclusión, el método utilizado para enseñar ciencia a través del programa Ondas conlleva a los estudiantes a evolucionar hacia nuevas concepciones de ciencia, permitiendo mayor participación en la presentación de proyectos e investigaciones, creando el espíritu científico, la creatividad e innovación.