Objetivo: Diseñar y validar una matriz que permita la evaluación y selección de ambientes virtuales de aprendizaje óptimos para la enseñanza de las ciencias naturales. Método: El trabajo se enmarcó en la investigación cualitativa, por medio de siete etapas, dentro de las cuales se construyó, validó y puso a prueba con cuatro ambientes virtuales de aprendizaje la matriz de evaluación propuesta. Resultados: A partir del análisis de los cuatro AVA por medio del recurso de evaluación diseñado se obtuvo que muchos de los recursos disponibles en la Web no cumplen de manera óptima con todas las categorías que se deben tener en cuenta dentro del diseño AVA para la enseñanza de las ciencias. Discusión y Conclusiones: La educación en tiempos de pandemia, llevó a que el uso de recursos tecnológicos disponibles en la web incrementara considerablemente, esto hace relevante y evidente la necesidad de contar con recursos de evaluación para la selección de AVA, debido a que no todos cumplen con los aspectos necesarios y primordiales para fines educativos. Además, esto no solo contribuye a que los docentes hagan un proceso de selección crítica de los recursos que van a utilizar, sino también en el diseño de recursos propios.