El presente estudio tuvo como objetivo comparar los resultados citológicos endometriales obtenidos mediante el citocepillo y el lavado de bajo volumen en yeguas criollas colombianas. Se trabajó con 90 yeguas con historia clínica de endometritis. Los resultados de las muestras citológicas fueron comparados bajo las variables de identificación de la reacción leucocitaria, tipo de reacción leucocitaria, presentación de células polimorfonucleares y mononucleares, presentación de bacterias, hifas y cambios celulares. Se encontró reacción leucocitaria en el 100% (90/90) de los casos con el citocepillo y de 93.9% (79/90) para el lavado de bajo volumen (p=0.0031). El resultado de la presentación de células polimorfonucleares fue similar entre las dos técnicas; sin embargo, la presencia de células mononucleares fue más efectiva con la técnica del lavado de bajo volumen. El hallazgo de hifas fue de 5.4% (6/90) con la técnica de citocepillo y de 3.6 (4/90) por medio de la técnica de lavado de bajo volumen (p=0.515). No hubo diferencias significativas para el caso de las bacterias (p=0.2574). Se encontraron cambios celulares en el 2.22% (4/90) de las muestras con la técnica del citocepillo y ninguna con la técnica de lavado uterino (p=0.0431).