Este estudio realiza contribuciones a la medición de la calidad en la educación superior. Mediante revisión documental y análisis del discurso, se revisan los factores relevantes en los modelos de gestión de la investigación de las universidades confesionales acreditadas de alta calidad en Colombia, contrastando aspectos propios de la identidad humanista cristiana con los estándares de medición formalmente establecidos por el Ministerio de Educación. Se concluye que estos aspectos que soportan la filosofía institucional aparentemente comienzan a ocupar un segundo plano en las prioridades de estas universidades, lo que da paso a la estandarización educativa medida por indicadores de resultado.