En este trabajo se presenta una investigación basada en el desarrollo de destrezas básicas de programación, por medio del programa Scratch, para el mejoramiento del proceso de aprendizaje de la asignatura de Ciencias Naturales, CN. La metodología utilizada fue cuantitativa, con un grupo control y otro experimental. La población correspondió a estudiantes de grado quinto, donde se evaluaron dos grupos, cada uno de 30 estudiantes cuyas edades oscilan entre los 9 y 10 años. Luego de utilizar Scratch con los estudiantes del grupo experimental, se encontró que mejoraron su desempeño, pasando del 54% que aprobaron la prueba diagnóstica, al 85% que aprobaron la prueba final. Además, los estudiantes del grupo control no presentaron cambios significativos en su rendimiento. Los resultados revelan que el desempeño académico de los estudiantes en CN, puede mejorar apoyándose en actividades diseñadas por ellos mismos en Scratch, facilitando la asimilación de los conceptos de esta área.