El síndrome hemofagocítico, considerado como una entidad poco frecuente, de etiología multifactorial, y cuya presentación es la de un cuadro grave y de alta letalidad, ofrece dificultades en la aproximación diagnostica temprana. Se presenta el caso de un niño de 26 meses de edad, con síndrome febril prolongado asociado a pancitopenia y visceromegalias (hepatoesplenomegalia) rápidamente crecientes en el curso de la evolución. Durante la hospitalización requiere varias transfusiones de hemoderivados sin mejoría. Se descartan enfermedades infecciosas como toxoplasmosis, citomegalovirus, SIDA, hepatitis B y sífilis, al igual que etiología linfo y mieloproliferativa. Se usan herramientas de laboratorio que orientan el diagnóstico a linfohistiocitosis hemofagocitica secundaría a infección por Virus Epstein-Barr, y recibe tratamiento con Inmunoglobulina y esteroides con evolución satisfactoria. Es importante considerar dentro de las causas de síndrome febril prolongado, patologías como la linfohistiocitosis hemofagocítica, secundaria a agentes comunes en nuestro medio como el Epstein Barr virus.