RESUMENSe realizó un análisis de la composición taxonómica, diversidad y abundancia del microzooplancton presente en aguas superficiales de la bahía de Ancón de Sardinas, zona limítrofe en el Pacífico entre Colombia y Ecuador, a partir de dos muestreos realizados en mayo (época húmeda) y noviembre (época seca) de 2012.Las muestras se obtuvieron mediante colectas superficiales; se registraron las variables fisicoquímicas, los niveles de nutrientes y de clorofila-a en cada estación.La abundancia de zooplancton varío entre 6 y 122 Ind/m 3 para el periodo de lluvias con el grupo de tintínidos como mayor componente, mientras que para la época seca la abundancia varió entre 20 y 41 Ind/m 3 , destacándose el grupo de copépodos por su mayor proporción frente a los otros grupos.No se detectaron diferencias significativas en la abundancia de zooplancton entre las dos épocas climáticas (Mann-Whitney, p = 0.60), pero sí en la temperatura (Mann-Whitney, p = 0.0472); la salinidad (Mann-Whitney, p = 0.009), y la clorofila-a (Mann-Whitney, p = 0.016), especialmente por factores como el incremento en el caudal de los ríos y el aporte de las lluvias durante la época húmeda.Las características del estuario asociadas con la variabilidad estacional determinan la abundancia y composición del microzooplancton en la bahía.