<p>Cinco razas de ganado bovino del trópico alto de Nariño fueron caracterizadas usando once loci microsatélites. Se incluyeron las razas Holstein, Jersey, Normando, Pardo suizo y el ganado Criollo. Las frecuencias alélicas fueron calculadas y usadas para la caracterización de las razas y el estudio de sus relaciones genéticas. La diversidad genética reflejada en el número de alelos por locus (NPA= 10) y la heterocigosidad observada (Ho= 0.7) fue alta, siendo mayor para la raza Criolla. El AMOVA, evidenció una baja diferenciación genética (FST=0.0663) para la población total, con una pequeña diferenciación entre Criollo y Holstein (0.006), resultado que fue correspondiente con el análisis de agrupamiento bayesiano, que permitió determinar un grado de absorción del núcleo Criollo del 56% por la raza Holstein. La alta diversidad, supone procesos de adaptación a diferentes ambientes y mezcla de razas, facilitando un continuo flujo genético. Esto puede explicarse por la realización de cruces dirigidos al incremento del volumen de producción teniendo como base la raza Holstein, donde la selección intensiva puede conllevar al detrimento de la pureza del ganado criollo e incidir en su capacidad adaptativa.</p>