La malaria congénita (MC) es la infección por Plasmodium spp adquirida in útero o durante el parto y sus manifestaciones clínicas son inespecíficas. Puede causar enfermedad grave en la embarazada y en el recién nacido.Objetivo: describir dos casos de MC causados por Plasmodium falciparum, diagnóstico diferencial de sepsis en recién nacidos de gestantes que hayan visitado o residan en áreas endémicas para malaria.Casos Clínicos: Neonatos de sexo femenino, nacidos en área no endémica para malaria, diagnosticados con sepsis neonatal y tratados con antibióticos sin respuesta clínica. Después de la primera semana de vida la gota gruesa identificó trofozoítos de Plasmodium falciparum y los neonatos recibieron tratamiento con quinina intravenosa con mejoría. Las madres de las recién nacidas tuvieron malaria en el embarazo, una de ellas recibió tratamiento y estaba asintomática y otra tenía malaria complicada al momento del parto.Conclusiones: La MC puede causar enfermedad neonatal grave con manifestaciones clínicas inespecíficas y similares a la sepsis, el tratamiento oportuno disminuye el riesgo de malaria complicada. Es un diagnóstico diferencial en recién nacidos de mujeres con malaria durante el embarazo o gestantes que visiten o residan en áreas endémicas.