El Instituto de Investigaciones Marinas y Costeras y la Agencia Nacional de Hidrocarburos de Colombia han llevado a cabo investigaciones de línea base ambiental en bloques de exploración de hidrocarburos aguas afuera del mar Caribe colombiano, entre los años 2008 y 2018. Estas investigaciones han generado información taxonómica y ecológica del fitoplancton marino, obtenida bajo diferentes métodos. El objetivo del presente trabajo fue unificar dicha información, certificando su veracidad. Para ello se organizaron matrices de datos, depurando la información, actualizando la taxonomía, categorizándola al nivel taxonómico de género, y estandarizando la abundancia. Aquí se pone a disposición una base de datos del fitoplancton oceánico del mar Caribe colombiano, con 5720 registros, a 2440 de los cuales se adicionaron abundancias. En general, este conjunto de datos recopila información de 8 proyectos, 14 cruceros, 12 bloques de exploración, 120 estaciones, y 304 lotes de muestras mixtas de fitoplancton, donde se registraron 135 géneros distribuidos en 80 familias, 45 órdenes, 9 clases y 7 fila. La abundancia se estandarizó a células por litro, obteniéndose un rango entre 9.6 y 7790.0 cél.L-1.