El objetivo del presente estudio fue evaluar el efecto de factores ambientales en la fertilidad de toros Brahman élite, así como polimorfismos con asociación significativa a estas características. Dieciocho toros con evaluación de la salud reproductiva (BSE) satisfactoria fueron monitoreados reproductivamente en dos temporadas de monta en lotes con 50 hembras aptas para la reproducción. Se colectaron muestra de sangre a los toros para la extracción de ADN y genotipificación de 26 151 SNPs con el chip GGP-LD (Geneseek). Se analizaron los efectos ambientales y los genotipos de los SNPs sobre las características de fertilidad. La temporada de monta y el estado reproductivo incidieron significativamente (p<0.05) en el porcentaje de espermatozoides normales y la concentración de espermatozoides. El análisis genómico reveló una región en el cromosoma BTA9 (55.7-55.9 Mb) asociada con el aumento en el porcentaje de espermatozoides normales y una región en el cromosoma BTA4 asociada con un incremento de 2.25 veces la concentración espermática. Esta última, contiene genes directamente implicados en rutas metabólicas de la síntesis de esteroides producidos en las células de Leydig y requeridos en la espermatogénesis. Las señales de asociación identificadas en este estudio coincidieron con regiones que albergan genes de gran relevancia en la reproducción.