Los miembros del género Drosophila, comúnmente conocidos como moscas de la fruta, han sido ampliamente analizados como un modelo biológico de gran impacto para los estudios ambientales y genéticos dado su pequeño tamaño, su breve ciclo de vida, su fácil y asequible mantenimiento, así como su rápida reproducción y numerosa descendencia. Sin embargo, aún no se ha hecho una caracterización completa de estos individuos en zonas tropicales antropizadas, lo que puede tenerun gran impacto en el desarrollo biológico de la mosca. En dicho contexto, el presente estudio tuvo como objetivo caracterizar la presencia de los drosofílidos en la ciudad de Popayán para generar conocimiento que pueda servir de línea base en la realización de otras investigaciones. Se recolectaron 1.033 drosofílidos del género Drosophila distribuidos en tres subgéneros: Drosophila, Dorsilopha y Sophophora, y tres grupos de especies: D. repleta, D. busckii y D. melanogaster, en cuatro comunas con características bióticas muy similares, una temperatura máxima de 23 °C y una humedad máxima de 85 %. Los hallazgos constituyen la primera evidencia de la coexistencia de tres drosofílidos en la zona urbana de Popayán.