El objetivo del presente estudio fue determinar el efecto del tratamiento térmico sobre las estructuras secundarias de las proteínas y sobre la estructura interna del almidón de harina de quinua. Se empleó grano de quinua previamente seleccionado y tamizado de la variedad Tunkahuan. Se determinaron los cambios en las proteínas y el almidón en diferentes geles. Los resultados mostraron diferencias significativas en las bandas -sheet (1627 cm-1), -turns (1661 cm-1) y -helix (1653 cm-1). El almidón ubicado en la superficie del perisperma fue más amorfo. Los geles formados a partir de las harinas del germen fueron menos firmes que los geles formados a partir de grano pulido. Se concluye que la molienda abrasiva resulto ser una operación eficiente para obtener dos tipos de harinas a partir del grano de quinua, una harina con un contenido de proteína y grasa elevado (harina del germen) y una harina con alto contenido de almidón (harina del perisperma).