La presente investigación tuvo como objetivo evaluar cambios de la calidad del suelo asociados a la implementación de técnicas de agricultura ecológica (AE) en cafetales bajo diferentes coberturas en San José de Pare, Boyacá. Para el cumplimiento de este objetivo se determinaron cambios en parámetros fisicoquímicos, abundancia de grupos funcionales de microorganismos (solubilizadores de fosfatos, celulolíticos, fijadores de nitrógeno) y actividades enzimáticas (fosfatasa acida y alcalina, β -glucosidasa, ureasa y proteasa). Las muestras de suelo se recolectaron de manera bimensual durante un periodo de diez meses en parcelas con cultivo de café con tres diferentes coberturas: plátano, mandarina y una mezcla de cítricos. Los resultados mostraron modificaciones de los indicadores de calidad del suelo como consecuencia de la aplicación de técnicas de AE, encontrando un aumento significativo en el contenido de fósforo, carbono, bacterias y hongos solubilizadores de fosfato y hongos celulolíticos. En contraste, no se observaron cambios significativamente relevantes en la actividad enzimática.