Los retos que la educación basada en ambien- tes virtuales de aprendizaje impone a las insti- tuciones educativas que incorporan programas bajo mediación virtual, exigen construir con los estudiantes un escenario de promoción de la investigación científica que se conjugue con la realidad en la que se encuentran inmersos. Así, limitaciones como la falta de espacios de interacción y socialización de resultados, la relación limitada con los líderes de semilleros, las dificultades de conectividad que pueden afrontar los integrantes del grupo que se en- cuentran ubicados en municipios con escasa infraestructura tecnológica, son algunas de las limitaciones que el trabajo en semilleros, bajo mediación virtual, implican para quienes pro- movemos la participación de estudiantes en los grupos de investigación de las universida- des. Teniendo en cuenta lo anterior, se exponen las condiciones bajo las cuales se desarrolla la propuesta de semilleros de investigación con los estudiantes del programa de Ingeniería de Sistemas, modalidad virtual de la Fundación Universitaria del Área Andina.