Objetivo: Presentar la experiencia del levantamiento de costos y de la valoración de procedimientos o de paquetes quirúrgicos para evaluar el impacto de los costos de estructura, de servicios y de apoyo sobre el costo final de empresas sociales del Estado (ESE) en Bogotá, mediante un sistema integral de costos en salud. Método: Se realizó el levantamiento de costos con los profesionales responsables de los procesos y con los encargados de costos de las ESE y de la Secretaría Distrital de Salud. Se tomaron los costos de 2011 y 2012 de las ESE de Bogotá, como fuente de información primaria. Esta información estaba estructurada por grupos de procesos (consultas externas, emergencias y cirugía), que no permitían identificar los procedimientos específicos para cada proceso. Por lo tanto, se ajustó la “matriz de costos”, al reagrupar las unidades de negocio por proceso, definir los procedimientos que corresponden a cada uno de ellos y especificar los códigos CUPS que los caracterizan. También, se definieron cuatro distribuciones. En la primera se identificaron los costos directos; en la segunda, la carga que representa los costos de estructura (administrativos); en la tercera, los costos de servicios (apoyo al cliente, apoyo logístico y apoyo documental); y en la cuarta, los intermedios (apoyo Dx, apoyo terapéutico y apoyo médico). A la cuarta distribución se le agregó la producción por CUPS para cada centro de costo. Adicionalmente, se estructuraron las matrices necesarias que soportan la valoración de procedimientos y paquetes que se levantaron. Resultados: Definición e implementación de una matriz estructurada por clase de unidad de negocios: costos finales, intermedios, servicios y estructura e identificación de los costos promedio por procedimiento, por centro de costo y por unidad de negocio. Levantamiento de 341 procedimientos o paquetes valorados en las especialidades de ginecología, ginecoobstetricia, ortopedia, gastroenterología, cirugía general, entre otras. Conclusiones: Construcción de una matriz para la identificación de los costos por tipo de unidad de negocio, y por unidad de negocio. Definición y organización de una matriz para la valoración de costos directos e indirectos de procedimientos. Estructuración de una matriz para la valoración de procedimientos o paquetes quirúrgicos validados por expertos o mesas de expertos.