Estudios acerca del impacto de los mecanismos de autoevaluación en la docencia en Ingeniería Informática señalan en los últimos años los beneficios de la autoevaluación como medio formativo en sí mismo, para alcanzar una evaluación continua real y para la mejora de la efectividad de los mecanismos de retroalimentación profesor-alumnado. Esto, unido a los nuevos escenarios docentes abiertos a raíz de la pandemia Covid-19, conlleva la necesidad de puesta en marcha de dinámicas de retroalimentación y evaluación innovadoras. En este artículo, presentamos el desarrollo e implantación de un protocolo de autoevaluación como parte de las actividades de innovación docente en la materia de Sistemas Operativos. El protocolo fue diseñado con el objetivo de incorporar la autoevaluación a lo largo de todas las prácticas de laboratorio de la materia. Posteriormente se realizó un estudio empírico comparativo en el que se analizó la precisión en las autoevaluaciones emitidas por un grupo experimental en comparación con la calificación ciega emitida por el profesor del grupo de prácticas. Los resultados permiten evaluar inicialmente el protocolo diseñado y conocer el punto de partida en capacidades de autoevaluación del estudiantado en las áreas temáticas específicas de Sistemas Operativos.